怎么判断RNA有没有降解

提取总RNA的目的是为了测定成熟的mRNA表达量，这与下游蛋白翻译直接相关。

1. 电泳分析：

1. 将提取的RNA进行琼脂糖凝胶电泳。

2. 观察电泳图谱上的条带，特别是28s和18s核糖体RNA（rRNA）的条带。

3. 由于基因mRNA量少，通常看不到明显的条带，成熟的mRNA主要集中在28s与18s之间及其上下的涂抹带。

2. 28s与18s rRNA的比例：

1. 如果能看到涂抹带，说明RNA质量好；如果看不到，可以通过28s与18s的比例（正常为2:1）来判断RNA是否降解。

2. 正常情况下，28s rRNA的条带亮度应该是18s rRNA的两倍左右，即比例约为2:1。

3. 如果28s rRNA的亮度低于18s rRNA，或者两者亮度相近，可能表明RNA已经部分降解。

3. 离心柱型提取方法的判断：

1. 在离心柱型提取方法中，5s rRNA的条带应该非常淡或几乎不可见，因为离心柱通常不吸附小片段。

2. 如果5s rRNA的条带明显可见，可能表明RNA有部分降解，因为降解的28s和18s rRNA可能形成了5s大小的片段。

4. Trizol法的判断：

1. 如果使用Trizol法提取RNA，由于5s rRNA片段也可以沉淀，因此看到5s rRNA的条带是正常的。

2. 在这种情况下，判断RNA是否降解的标准是28s与18s的比例至少为1.5:1。

3. Trizol法的判断标准是28s与18s的比例至少为1.5:1。由于5s小片段也可以沉淀，所以看到5s带是正常的，不提示降解。

5. 前体RNA的条带：

1. 在电泳图谱上，28s和18s rRNA条带上方的条带可能代表未剪切成熟的前体RNA。

2. 这些前体RNA存在于细胞核中，而成熟的mRNA存在于细胞质中。

6. DNA污染的检查：

1. RNA样品中不应有DNA污染，这可以通过特定的DNA酶处理来去除。

2. DNA污染的存在可能会影响RNA的质量和后续实验的准确性。